Arah dan kebijakan pembangunan Pertanian dalam Rencana Strategis Pembangunan Pertanian tahun 2005 – 2009, yang dilandasi semangat reformasi dan penyelenggaraan pemerintahan yang baik dan peduli (good government ) oleh pemerintah yang bersih (clean government ) serta mempunyai visi : “ terwujudnya Pertanian tangguh untuk pemantapan ketahanan pangan, peningkatan nilai tambah dan daya saing produk Pertanian serta peningkatan kesejahteraan petani.

Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.140/4/2008, tentang organisasi dan tata kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian, yaitu penggabungan Unit Pelaksana Teknis ( UPT ) Karantina Hewan dan Karantina Tumbuhan menjadi UPT Karantina Pertanian yang mempunyai tugas melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati.

Stasiun Karantina Pertanian kelas II Bangkalan semula bernama Stasiun Karantina Hewan kelas II Kamal dan tidak mengalami penggabungan karena di Pulau Madura tidak ada wilker karantina tumbuhan.  SKP Kelas II Bangkalan terletak di  Pulau Madura dan mempunyai wilayah kerja di seluruh pulau Madura.
Pulau Madura mempunyai luas wilayah 429.050 km2 dengan pulau-pulau yang tersebar disekelilingnya terdiri dari 4 Kabupaten yaitu Bangkalan, Sampang, Pamekasan dan Sumenep merupakan daerah yang memiliki komoditi hasil pertanian termasuk peternakan yang cukup berpotensi bahkan disana terdapat sapi asli Indonesia yaitu Sapi Madura yang harus dilindungi sebagai Kekayaan Negara dan perlu dijaga kemurniannya serta dikembangkan agar terjaga dari kepunahan.

Sebagai Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian yang bertugas mencegah masuk dan tersebarnya hama dan penyakit Hewan Karantina di wilayah Indonesia, mencegah tersebarnya hama dan penyakit hewan karantina antar area serta mencegah keluarnya hama dan penyakit hewan karantina dari wilayah RI, maka Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Bangkalan menyelenggarakan tindak karantina di pelabuhan-pelabuhan pemasukan/pengeluaran yang telah ditunjuk dengan menempatkan petugas di 6 (enam) wilayah kerja yaitu Pelabuhan Ferry Kamal, Pelabuhan Laut Telaga Biru, Pelabuhan Laut Branta, Pelabuhan Laut Kalianget ,Pelabuhan Laut Sapudi dan pelabuhan laut Kangean.