Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Bangkalan merupakan Unit Pelaksana Teknis Badan Karantina Pertanian – Departemen Pertanian yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Karantina Pertanian.
Dalam pelaksanaan Kegiatan Operasional Karantina di laksanakan oleh Pejabat Fungsional yang terdiri dari Dokter Hewan Karantina (Medik Veteriner) dan Pelaksana Teknis (Paramedik Veteriner) serta tenaga Administrasi sehingga Fungsi Karantina Pertanian dapat terlaksana dengan baik.

Berdasarkan Tugas dan Fungsinya, Stasiun Karantina Pertanian kelas II Bangkalan mempunyai wilayah kerja seluruh Madura dan pulau-pulaunya. Untuk itu tindakan Karantina hewan di Madura dilakukan di pintu (pelabuhan) keluar masuk Madura  yang telah ditetapkan dengan Peraturan Menteri Pertanian No.22/Permentan/OT.140/4/2008 tanggal 3 April 2008.

Pulau Madura. mempunyai 4 (empat) Kabupaten yaitu Kab. Bangkalan, Kab. Sampang, kab. Pamekasan dan Kab. Sumenep. Dari ke empat Kabupaten yang ada di Pulau Madura, Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Bangkalan mempunyai wilayah kerja sebagai berikut :

1.    Wilayah kerja Pelabuhan Penyeberangan (ferry) Kamal di Kab, Bangkalan
2.    Wilayah kerja Pelabuhan Laut Telaga Biru, kab. Bangkalan
3.    Wilayah kerja Pelabuhan Laut Branta , kab.Pamekasan
4.    Wilayah kerja Pelabuhan Llaut Kalianget, kab.Sumenep
5.    Wilayah kerja Pelabuhan Laut Sapudi, kab.Sumenep
6.    Wilayah kerja Pelabuhan Laut Kangean, kab.Sumenep